厚生労働省から、本年(2019年)4月から改正労働基準法が適用される企業のみなさまへ向けて、「2019(平成31)年4月1日施行の改正労働基準法に対応した36協定届(新様式)等の電子申請は3月25 日より作成・保管が可能です!~申請については4月1日より可能です~」という案内がありました。

36協定届のほか、清算期間が1か月を超えるフレックスタイム制に関する労使協定届についても、同様の取扱となっています。
施行と同時に届出をしたい場合には、前もって準備しておくことも可能となっています。
なお、あらたな36協定届については、施行後1年間は、大企業のみが利用することになります(中小企業への適用は1年遅れ)。

電子申請を利用されている企業におかれましては、確認しておきましょう。
<本年4月から改正労働基準法が適用される企業のみなさまへ 平成31年4月1日施行の改正労働基準法に対応した36協定届(新様式)等の電子申請は3月25日より作成・保管が可能です!>
https://www.mhlw.go.jp/content/000490879.pdf

〔確認〕36協定については、記載に不備があると、新制度における罰則が適用される可能性もあります。
今一度、36協定の基本についても確認しておきましょう。
次の資料は参考になると思います。
<事業主の方から多く寄せれる労務管理に関するご相談と回答>
https://www.mhlw.go.jp/content/000482058.pdf